Het menu Wijzig
Herstel: in OmniGraffle wordt een aantal wijzigingen bewaard die u in een document hebt gemaakt. Wanneer u het herstelcommando kiest, gaat u een stap terug in de lijst en wordt het document weergegeven alsof u de laatste wijziging niet hebt uitgevoerd. Als u nogmaals het herstelcommando kiest, gaat u nog een stap verder terug in de lijst.
Opnieuw: wanneer u een bewerking hebt hersteld, kunt u de bewerking opnieuw uitvoeren zodat het herstellen ongedaan wordt gemaakt.
Knip: hiermee verwijdert u de huidige selectie en verplaatst u deze naar het klembord, zodat u de selectie ergens anders kunt plakken.
Kopieer: hiermee kopieert u de huidige selectie naar het klembord.
Kopieer als
PDF: hiermee maakt u een PDF-kopie van de huidige selectie op het klembord, die u vervolgens in elk programma kunt plakken dat de PDF-structuur ondersteunt. Als het programma waarin u de selectie plakt LinkBack ondersteunt (waaronder OmniGraffle zelf), kunt u zelfs teruggaan en de geplakte inhoud bewerken in OmniGraffle.
TIFF: hiermee maakt u een TIFF-kopie van de huidige selectie op het klembord, die u vervolgens in elk programma kunt plakken dat de TIFF-structuur ondersteunt.
Vector-PICT — hiermee maakt u een Vector-PICT-kopie van de huidige selectie op het klembord, die u vervolgens in elk programma kunt plakken dat de Vector-PICT-structuur ondersteunt (dit komt met name van pas bij plakken in Microsoft Word: dit programma bevat namelijk een vervelend foutje dat voorkomt dat de juiste gegevens worden ontvangen wanneer u OmniGraffle-inhoud plakt met het gewone commando Kopieer).
AppleScript: hiermee plaatst u een AppleScript-weergave van de geselecteerde objecten op het klembord. U kunt dit vervolgens in Scriptmaker of in het infovenster Actie van een ander object plakken om een script te maken waarmee de objecten opnieuw kunnen worden aangemaakt. U kunt deze optie ook gebruiken om te oefenen hoe u AppleScripts in OmniGraffle kunt gebruiken.
Plak: hiermee wordt de inhoud van het klembord op het canvas geplaatst, op de plek waar u het laatst hebt geklikt met het selectiegereedschap. (U kunt ook tekst invoegen vanaf het klembord als u de tekst van een object bewerkt.) Wanneer u een afbeelding of tekst op het klembord hebt geplaatst, wordt een nieuw vormobject gemaakt dat de afbeelding of tekst bevat.
Plak en pas stijl aan: bij de bewerking van tekst kunt u met dit commando tekst plakken zonder de stijl toe te passen die de tekst had in het programma waaruit u de tekst kopieerde. In plaats daarvan wordt de stijl aangepast aan die van de bestaande tekst.
Dupliceer: hiermee maakt u een kopie van de huidige selectie en plaatst u deze op het canvas zonder het klembord te gebruiken.
Dit commando heeft een speciale functie.
Selecteer iets op het canvas en dupliceer de selectie.
Verplaats de kopie met behulp van het selectiegereedschap. OmniGraffle onthoudt de afstand en richting van de kopie ten opzichte van het origineel.
U kunt het object vervolgens zo vaak dupliceren als u wilt. Elke nieuwe kopie wordt op dezelfde afstand en in dezelfde richting ten opzichte van de vorige kopie geplaatst.
Verwijder: hiermee wist u de huidige selectie. De gegevens zijn niet meer beschikbaar, tenzij u deze bewerking ongedaan maakt.
Selecteer alles: hiermee selecteert u alle selecteerbare objecten op het canvas. Objecten in vergrendelde lagen kunnen niet worden geselecteerd. Wanneer u de tekst van een object bewerkt, wordt met dit commando alle tekst van het object geselecteerd.
Selecteer
Vergelijkbare objecten: hiermee selecteert u alle objecten op het canvas die dezelfde stijlkenmerken hebben als de geselecteerde objecten.
Verbonden objecten: hiermee selecteert u alle vormen die direct of indirect via lijnen met de geselecteerde objecten zijn verbonden. Bovendien worden alle lijnen tussen de objecten geselecteerd.
Voorlopers: hiermee selecteert u alle voorlopers van de geselecteerde objecten op basis van de hiërarchie die door de verbindingslijnen wordt bepaald.
Opvolgers: hiermee selecteert u alle opvolgers van de geselecteerde objecten op basis van de hiërarchie die door de verbindingslijnen wordt bepaald.
Opbouw: met de commando's in dit submenu (en vooral met de bijbehorende sneltoetsen) kunt u sneller in de opbouwweergave werken. Deze commando's zijn alleen beschikbaar wanneer de opbouwweergave is geopend en er een object is geselecteerd.
Bewerking zonder muis: de commando's in dit submenu zijn vooral handig wanneer u de bijbehorende sneltoetsen gebruikt. U kunt op deze manier veel bewerkingen uitvoeren zonder de muis te gebruiken.
Selecteer vorm: met deze commando's selecteert u een vorm op basis van de positie ten opzichte van de geselecteerde vorm.
Maak vorm: met deze commando's maakt u een nieuwe vorm die overeenkomt met de geselecteerde vorm.
Canvassen
Nieuw canvas: hiermee voegt u een nieuw canvas aan het document toe.
Dupliceer canvas: hiermee voegt u een nieuw canvas aan het document toe dat identiek is aan het huidige canvas.
Verwijder canvas: hiermee verwijdert u het huidige canvas in zijn geheel.
Lagen
Nieuwe laag: hiermee voegt u een nieuwe laag aan het huidige canvas toe.
Nieuwe gedeelde laag: hiermee voegt u een nieuwe gedeelde laag aan het huidige canvas toe.
Dupliceer laag: hiermee voegt u een nieuwe laag aan het canvas toe die identiek is aan de geselecteerde laag.
Voeg met onderliggende laag samen: hiermee verplaatst u alles op de geselecteerde laag naar de eerstvolgende laag eronder. Vervolgens wordt de geselecteerde laag verwijderd.
Verwijder laag: hiermee verwijdert u de huidige laag in zijn geheel. De laatste laag in een canvas kan niet worden verwijderd.
Verwijder alle exemplaren: dit commando is alleen beschikbaar wanneer u een gedeelde laag selecteert. Alle exemplaren van de gedeelde laag op elk canvas in het document worden verwijderd.
Laaginstellingen: deze commando's hebben dezelfde functies als de pictogrammen waarop u kunt klikken in een laag in de zijbalk van een canvas. Zichtbaar toont of verbergt objecten in een laag, Afdrukbaar bepaalt of objecten in een laag moeten worden meegenomen bij het afdrukken en Niet vergrendeld bepaalt of objecten in een laag kunnen worden geselecteerd of bewerkt.
Selecteer alles op laag: hiermee selecteert u alle objecten in de geselecteerde laag.
Verplaats selectie naar laag: hiermee verplaatst u alle geselecteerde objecten naar de geselecteerde laag.
Tabellen
Voeg rij in: wanneer u een cel van een tabel hebt geselecteerd, voegt u met dit commando een nieuwe rij cellen aan de tabel toe. De nieuwe kolom wordt direct vóór de kolom met de geselecteerde cel ingevoegd.
Voeg kolom in: wanneer u een cel van een tabel hebt geselecteerd, voegt u met dit commando een nieuwe kolom cellen aan de tabel toe. De nieuwe kolom wordt direct vóór de kolom met de geselecteerde cel ingevoegd.
Selecteer rij: wanneer u een cel van een tabel hebt geselecteerd, selecteert u met dit commando de hele rij die de cel bevat.
Selecteer kolom: wanneer u een cel van een tabel hebt geselecteerd, selecteert u met dit commando de hele kolom die de cel bevat.
Magneten
Kopieer magneten: hiermee plaatst u de magneetindeling van het geselecteerde object op het klembord, zodat u die kunt plakken in een ander object.
Plak magneten: wanneer een magneetindeling op het klembord is geplaatst, kunt u deze indeling op het geselecteerde object toepassen. Alle bestaande magneten worden door de nieuwe magneten vervangen.
Verwijder magneten: hiermee verwijdert u alle magneten van de geselecteerde objecten.
Vormen
Snij overlappende delen weg: hiermee wordt van de geselecteerde vormen de voorste vorm gebruikt om een gat in de achterste vorm te maken. U kunt de volgorde van de vormen wijzigen met behulp van de commando's Plaats vooraan/Naar voren en Plaats achteraan/Naar achteren in het menu Rangschik. 
Smelt vormen samen: hiermee combineert u twee of meer geselecteerde vormen. De interne lijnen worden verwijderd om één vorm te maken. 
Behoud overlappende delen: hiermee maakt u een vorm van de overlappende delen van de geselecteerde vormen. 
Zoek
Zoek: hiermee opent u het zoekvenster van OmniGraffle. U kunt op specifieke tekst zoeken of u kunt een reguliere expressie gebruiken om meer zoekresultaten te genereren. Wanneer u op specifieke tekst zoekt, kunt u het aankruisvak Negeer hoofdletters inschakelen als u niet wilt dat er onderscheid wordt gemaakt tussen hoofdletters en kleine letters. U kunt het aankruisvak Gehele woord inschakelen als u alleen op hele woorden wilt zoeken. Wanneer u groepen in een normale uitdrukking gebruikt, kunt u de gehele uitdrukking selecteren (of vervangen) of een van de groepen. Dit kunt u instellen met behulp van het venstermenu Selecteer of vervang. Bij gebruik van de zoekopties Vorige en Volgende gaat OmniGraffle voor objecten uit van een volgorde van links naar rechts en van boven naar beneden.
Zoek volgende: hiermee zoekt u vooruit naar de tekst die het laatst is ingevoerd in het zoekvenster. Met dit commando voert u dezelfde bewerking uit als met de knop Volgende in het zoekvenster.
Zoek vorige: hiermee zoekt u achteruit naar de tekst die het laatst is ingevoerd in het zoekvenster. Met dit commando voert u dezelfde bewerking uit als met de knop Vorige in het zoekvenster.
Voer selectie in: als u tekst in een object selecteert en vervolgens dit commando kiest, plaatst u de geselecteerde tekst in het zoekvenster, waarbij de vorige tekst wordt vervangen. Vervolgens kunt u met de commando's Zoek volgende en Zoek vorige controleren of de tekst nog vaker in het document voorkomt.
Ga naar selectie: hiermee wordt de weergave zodanig gewijzigd dat de geselecteerde objecten worden weergegeven.
Spelling en grammatica
Dit submenu bevat de standaard spellings- en grammaticafuncties van Mac OS X. Bij gebruik van de zoekopties Vorige en Volgende gaat OmniGraffle voor objecten uit van een volgorde van links naar rechts en van boven naar beneden.
Voeg variabele in
Wanneer u de tekst van een vormobject bewerkt, kunt u met een van deze commando's een speciale code invoegen. Wanneer u de tekst hebt bewerkt, wordt de code gewijzigd om bepaalde aspecten van het object, het canvas, de pagina of het document weer te geven. Wanneer de gegevens waarnaar de code verwijst veranderen, wordt de code automatisch bijgewerkt. Sommige variabelen, zoals Paginanummer, zijn handig om op een gedeelde laag te plaatsen en die laag vervolgens te delen met elk canvas.
Als u een van de datumvariabelen gebruikt, kunt u de notatie van de datum wijzigen door middel van Cocoa's datumnotatietokens. Voor een datum als "2005 - 10 - 06 16:00" kunt u het volgende typen:
<%date %Y - %m - %d %H:%M %>
Canvasnaam: de naam van het canvas waarop het object wordt weergegeven.
Naam document: de naam van het document waarin het object wordt weergegeven.
Huidige datum: de huidige datum. Dit is handig om te zien wanneer een document is afgedrukt.
Aanmaakdatum document: de datum waarop het document is aangemaakt volgens het bestandssysteem van Mac OS X.
Bewerkingsdatum document: de datum waarop het document voor het laatst is opgeslagen volgens het bestandssysteem van Mac OS X.
Auteur: de naam van de gebruiker die het bestand heeft aangemaakt volgens het bestandssysteem van Mac OS X.
Gewijzigd door: de naam van de gebruiker die het bestand voor het laatst heeft opgeslagen volgens het bestandssysteem van Mac OS X.
Paginanummer: het nummer van de pagina waarop het object staat, gebaseerd op de instellingen in het infovenster Canvasgrootte en het paneel Pagina-instelling.
Totale aantal pagina's: het totaal aantal pagina's in het document. U kunt dit commando in combinatie met de paginanummercode gebruiken voor een weergave als "Pagina 2 van 5".
X-positie: de horizontale afstand van het object ten opzichte van het nulpunt, net als in het infovenster Geometrie.
Y-positie: de verticale afstand van het object ten opzichte van het nulpunt, net als in het infovenster Geometrie.
Breedte: de horizontale grootte van het object, net als in het infovenster Geometrie.
Hoogte: de verticale grootte van het object, net als in het infovenster Geometrie.
Lijnlengte: deze code heeft een unieke eigenschap. Als de vorm die de code bevat een lijnlabel is, wordt de lengte van de lijn aangegeven. Deze functie kan niet worden gebruikt als het vormobject niet is verbonden met een lijn.
Bewerk LinkBack-onderdeel: als u een LinkBack-onderdeel uit een ander programma in een diagram hebt geplakt, selecteert u het object en opent u met dit commando het onderdeel in het originele programma.
Speciale tekens: hiermee roept u het standaard lettertekenpalet van Mac OS X op.